卵巢囊肿的分类：
1. 功能性囊肿
这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍。卵巢滤泡成熟不了而转变成囊肿，但这类囊肿通常会在月经来潮时消失。因此在月经期间或刚过时以超声波检查囊肿是很重要的。处于更年期或更年期之后的妇女是不会有功能性囊肿的。
2. 子宫内膜炎囊肿
这类囊肿含有凝固的血块，颜色如巧克力一般，因此也俗称巧克力囊肿。这类囊肿在子宫内膜异位的妇女患者当中较为普遍，属于严重的病例。囊肿随着时间的推移长大，导致月经来潮时腹部剧痛和抽搐，行房时也会疼痛。一旦爆裂其结果就有如阑尾炎（即盲肠溃疡），必须赶紧动手术。子宫内膜炎囊肿癌变的病例是非常罕见的
3. 皮状囊肿（毛囊肿）
这类囊肿通常都是良性的（即非癌细胞）。囊肿里常有头发、牙齿、骨头等混於其中的脂肪状液体。体积通常很小，不呈现任何症状。但如果囊肿变大，则可能引发并发症。(请参阅浆液状的囊肿）。
4. 浆液状囊肿（液体囊肿）
这类囊肿含有脓状的液体，可能癌变。
5. 粘液状囊肿
这类囊肿含有粘性的液体，也可能癌变。
