卵巢囊肿可分为卵泡囊肿和黄体囊肿。确切原因尚不完全清楚。目前认为，卵巢囊肿可能与内分泌机能失调、促黄体素分泌不足、排卵机能受到破坏有关。
其中炎症性卵巢囊肿是由于输卵管炎症波及卵巢，相互粘连，输卵管峡部梗阻，其伞端又与卵巢之卵泡囊肿穿通使渗液积聚；或输卵管卵巢脓肿，脓液吸收液化而形成炎性囊肿。此脓肿称输卵管卵巢囊肿，非真性卵巢囊肿。
临床上卵巢囊肿又分为五种类型：
功能性囊肿：这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍。卵巢滤泡成熟不了而转变成囊肿，但这类囊肿通常会在月经来潮时消失。因此在月经期间或刚过时以超声波检查囊肿是很重要的。处于更年期或更年期之后的妇女是不会有功能性囊肿的。
子宫内膜炎囊肿：这类囊肿含有凝固的血块，颜色如巧克力一般，因此也俗称巧克力囊肿。这类囊肿在子宫内膜异位的妇女患者当中较为普遍，属于严重的病例。囊肿随着时间的推移长大，导致月经来潮时腹部剧痛和抽搐，行房时也会疼痛。一旦爆裂其结果就有如阑尾炎（即盲肠溃疡），必须赶紧动手术。子宫内膜炎囊肿癌变的病例是非常罕见的
皮状囊肿（毛囊肿）：这类囊肿通常都是良性的（即非癌细胞）。囊肿里常有头发、牙齿、骨头等混於其中的脂肪状液体。体积通常很小，不呈现任何症状。但如果囊肿变大，则可能引发并发症。(请参阅浆液状的囊肿）。
浆液状囊肿（液体囊肿）：这类囊肿含有脓状的液体，可能癌变。
粘液状囊肿：这类囊肿含有粘性的液体，也可能癌变。
