卵巢囊肿是指卵巢内有囊性的肿物形成，可分为肿瘤性和非肿瘤性两类。通常人们说的卵巢囊肿是指非肿瘤性的那一类。
非肿瘤性卵巢囊肿又称非赘生性卵巢囊肿，大多是卵巢的功能性囊肿，包括卵泡囊肿、黄体囊肿、黄素囊肿、炎症性卵巢囊肿、多囊卵巢以及子宫内膜异位囊肿(即卵巢巧克力囊肿)。卵巢囊肿大多属于非肿瘤性囊肿，直径也很少超过5厘米，这些囊肿并不是肿瘤，大部分是良性的，能自行消退，无需手术。但如果囊肿较大或进行性增大、或破裂，则也该手术切除。
也就是说，一旦发现卵巢囊肿，应尽早确定其为肿瘤性的囊肿还是非肿瘤性的囊肿。可依据肿瘤生长的快慢、大小、性状，以及相应的检查，如：子宫输卵管造影、静脉肾盂造影、超声诊断或腹部断层扫描、核磁共振，乃至腹腔镜检查、剖腹探查，可以明确诊断，如果是前者，不管当前是否为恶性均要早期手术切除。
一般来说，生育年龄的妇女最容易发生的卵巢囊肿是卵巢功能性囊肿，如：卵泡囊肿、黄体囊肿、黄素囊肿、多囊卵巢，这是由于内分泌机能失调、促黄体素分泌不足、药物刺激等造成的过度生理性反应所致。患者一般没有任何感觉或不适，少数人可能会有月经失调、痛经、不育等，多因其它原因就医检查时意外发现。
炎症性卵巢囊肿,是由于输卵管炎症常波及卵巢，形成炎性积液、积脓，近而形成卵巢囊肿。准确地说它应该是炎性包块，而并非真性卵巢囊肿。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名卵巢巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿。是由于子宫内膜异位波及卵巢，在卵巢内形成巧克力样粘稠液体的囊肿。患者常有进行性加重的痛经、性交痛、不孕以及月经失调。
