卵巢囊肿可分为卵泡囊肿和黄体囊肿。确切原因尚不完全清楚。目前认为，卵巢囊肿可能与内分泌机能失调、促黄体素分泌不足、排卵机能受到破坏有关。
其中炎症性卵巢囊肿是由于输卵管炎症波及卵巢，相互粘连，输卵管峡部梗阻，其伞端又与卵巢之卵泡囊肿穿通使渗液积聚；或输卵管卵巢脓肿，脓液吸收液化而形成炎性囊肿。此脓肿称输卵管卵巢囊肿，非真性卵巢囊肿。
卵巢囊肿通常要与以下两种病症做鉴别：
1.单纯性囊肿：若滤泡囊肿肾大，粒层细胞被挤压呈扁平或立方形，则与单纯囊肿无法区别，如找到卵丘或残余受挤压的粒层细胞，应诊断为滤泡囊肿。
2.囊性粒层细胞瘤：偶见粒层细胞癌呈示巨大囊性变，瘤组织被挤压于囊壁呈斑块状，但仍具备粒层瘤细胞的特点卵巢囊肿。
