卵巢囊肿经妇科检查一般都可确诊，妊娠试验，全消化道线透视，输卵管造影，静脉肾盂造影，腹腔穿、刺腹腔镜。如
B超、CT、MRI、血CA125、CEA、AEP。
核磁共振，良性囊肿发展缓慢，小者无症状，患者不易察觉，临床根据压迫，尿频、便秘等症状，确诊常常为恶性晚期，多已出现明显消。
恶液质和腹水，也伴有月经淋漓不净，小腹疼痛，发热，乳房胀，腰酸，雀斑，荣颜早衰，赤白带下，肛门有下坠感，或久婚不孕，或心慌，气短，浮肿，贫血，力等症侯，即为卵巢囊肿。
一般来说，如囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤的话，多为功能性囊肿，可以密切随访，即2-3个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间；若4-6周后缩小或未增大，则功能性囊肿的可能性较大。
若囊肿继续增大，尤其大于5厘米者，或者突然下腹部阵发性绞痛，可能是肿瘤性囊肿或发生了囊肿扭转或破裂，则应手术探查确定其良恶性，必要时手术切除。
