允许在门诊进行药物流产的仅限于怀孕49天内的妇女，此时子宫内有两种妊娠组织，一种是胎囊，将来胎儿在这里长出；另一种是蜕膜。药物流产的目的就是阻止胎囊在宫腔中继续生长发育，并通过子宫收缩将其排出体外。药物流产过程中如果见到胎囊排出，就可以认为药流堕胎基本完成。但是，由于附着在子宫内壁上的蜕膜还没有完全随胎囊排出，因此子宫的收缩受到影响，出血不会马上停止，尤其是流产后的头三天出血比较多，以后会逐渐减少。一般地，药物流产胎囊排出后的出血天数平均为18天，个别出血时间会长一些，引起出血时间长的原因可能是蜕膜剥脱不完全，影响子宫收缩止血；或是胎囊排出不完整，导致不全流产；少数病人为药物流产术后感染，出现子宫内膜炎症所引起。
按规定，胎囊排出两周以后应该到所在药物流产单位进行复诊。此时如果出血仍未停止，需要进行尿妊娩化验及B超检查，诊断为不全流产者就应该做清宫术，术后阴道出血10天内会停止。如果出血不止因蜕膜剥脱不全所致，但就诊时出血不多，可以服用益母草膏或宫血宁或中药生化汤，这些中药可以止血消炎，可以帮助子宫收缩，从而帮助子宫将宫内残余物排出子宫外。也可以肌注催产素促进子宫收缩，以排出剩余的蜕膜组织。出血多于月经量2-3倍的病人，经保守治疗处理出血仍不减少者一般要行清宫术。有的病人认为，治疗药物流产后出血淋漓不净，只要服用安络血、止血敏等止血药就可以了，这是不对的。因为止血药是通过改变体内凝血机制而达止血目的，并不能将宫腔内的残留物排出体外，因此不能从根本上解决问题。只有当子宫腔内的胚胎组织基本排净，子宫收缩良好时，出血才会停止。值得注意的是，药物流产的妇女有时会突然出现出血明显增多，可能是月经量的几倍，并伴有大血块，这是因为胚胎组织剥脱、排出不畅造成的，此时需要立即去医院就诊，行清宫术以止血。
即使药流干净，胎囊也已排出，在前2，3天出血也是比较多，相当于月经量或比月经量稍多些，也是正常的，以后出血会逐渐减少。不要误认为前2，3天的较多出血，是没有流干净或胎囊没有排出，就轻易地给做清宫，给女性造成不必要的痛苦。只要出血不是非常多，即超过月经量的3倍，就暂不要清宫，而是密切观察，或先给应急保守治疗措施，因为有10%的人在一周内排出胎囊。
由于药物流产出血时间较长，宫颈口松驰，会给细菌的滋生及逆行感染提供机会。因此，如果阴道出血超过7天，应该常规服用抗生素3～5天预防感染。少部分病人药物流产后不注意卫生，在出血量少或出血暂时停止时游泳、行房事，结果造成宫腔感染，引起子宫内膜炎。此时患者阴道出血量不一定多，但有腥臭味，可能夹有黄色分泌物，或伴有小腹隐痛。治疗要给予足量的抗生素，并服用益母草膏或生化汤，促进未排出的胚胎组织尽快排出。炎症控制后如果B超检查证实宫腔内仍有残留组织，可以行清宫术，术后继续抗炎治疗。
药物流产后的阴道出血经常出现时有时无的现象，患者不要因为阴道没有出血就认为可以游泳，进行性生活，这是不对的。无论是药物流产还是人工流产手术，游泳、性生活都应该在来过一次月经后再进行。否则，都有可能导致盆腔炎症的发生。
