念珠菌性阴道炎须早期诊断，早期治疗，治疗必须彻底，否则容易反复发作，长期不愈。治疗时应首先消除病因，治疗有关疾病，如治疗糖尿病和口腔内或肠道内念珠菌；及时停用广谱抗生素等。
对于仅查到念珠菌而无临床表现的女性，则不需治疗，因为约 20% 左右正常妇女阴道内有念珠菌和其它酵母菌寄生。对于女性患者的男性性伴侣无需常规治疗，但如发现有念珠菌性龟头炎则必须治疗。
念珠菌性龟头炎以外用药物为主，反复发作或合并尿道炎者可口服抗真菌药物治疗。
防治生殖器念珠菌病应保持外阴部清洁、干燥，经常清洗，勤换内裤，洗澡用淋浴，避免盆浴。注意加强营养，增强机体抵抗力；对患者的配偶或性伴应一同检查、治疗，治疗期间避免性生活。
积极防治本病的易发因素如糖尿病、内脏肿瘤、自身免疫性疾病，对大量长期使用各种广谱抗菌素、皮质激素、免疫抑制剂、口服雌激素避孕药的患者应指导其合理用药。
妇女妊娠时易出现念珠菌性阴道炎，应注意局部卫生。包皮环切术可大大减少念珠菌性龟头炎的复发。
