生殖器念珠菌病分为念珠菌性阴道炎和念珠菌性龟头炎。两者与性行为关系密切，可以通过性行为互相传播。
念珠菌性阴道炎 (candidal vaginitis) ，又称外阴阴道念珠菌病 (vulvovaginal candidiasis, VVC) ，是由阴道内的念珠菌，主要为白色念珠菌引起的阴道及外阴的炎症性疾病。
临床以典型的豆腐渣样白带及剧烈的外阴瘙痒为特征。急性发作的病人如果治疗不彻底则容易转为慢性复发性念珠菌性阴道炎（ RVVC ）。
念珠菌性龟头炎是念珠菌引起的男性包皮龟头的炎症。
念珠菌性阴道炎须早期诊断，早期治疗，治疗必须彻底，否则容易反复发作，长期不愈。治疗时应首先消除病因，治疗有关疾病，如治疗糖尿病和口腔内或肠道内念珠菌；及时停用广谱抗生素等。
对于仅查到念珠菌而无临床表现的女性，则不需治疗，因为约 20% 左右正常妇女阴道内有念珠菌和其它酵母菌寄生。对于女性患者的男性性伴侣无需常规治疗，但如发现有念珠菌性龟头炎则必须治疗。
念珠菌性龟头炎以外用药物为主，反复发作或合并尿道炎者可口服抗真菌药物治疗。
